wordpressのテーマをカスタマイズするのに頻繁に使用するのが
functions.phpファイルです。
functions.phpはheader.phpよりも先に読み込まれる大切なファイルです。
※テーマ内で一番最初に読み込まれる

カスタマイズ経験者なら分かると思いますが、functions.phpに沢山のコードを記述していくとごちゃごちゃして見辛く、何がどこにあるのか探すのに少し苦労する経験があると思います。

都度、コメントアウトで説明などを入れていけば分かるのですが、それでもコードが増えていくと分かりづらいです。

そこでfunctions.phpをスッキリさせて管理を楽にしファイルサイズを軽減させようってことです。

まずはテーマ内に適当なフォルダを作成します。
名前は何でも良いですが例としてfunctionsとします。

そしてfunctionsフォルダの中にphpファイルを作成します。
例えばfunctions.phpに記述していた「パンくずを表示するコード」と「ページ送りを表示するコード」を一緒のファイルにしてファイル名をbread_pagination.phpなど適当に付けます。

これでfunctions.phpから「パンくずを表示するコード」と「ページ送りを表示するコード」がなくなりました。

しかしこれだけではまだwordpressやテーマでは使用できません。
ファイル(コード)が読み込まれていない状態です。
そこで次にfunctions.phpに下記コードを記述します。

require_once(get_template_directory().'/functions/bread_pagination.php');

これで読み込まれるようになりました。
ファイルを作成し使用するコードを記述し読み込ませるのが流れとなります。

functions.php内のコードをグループにしてファイルを作成していけば管理が格段に楽になります。
functions.php内のコードだけではなく新規に記述するコードでも有効です。

require_once(get_template_directory().'/functions/example_1.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/example_2.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/example_3.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/example_4.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/example_5.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/new_example_1.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/new_example_2.php');
require_once(get_template_directory().'/functions/new_example_3.php');